plink2(1) on Linux
The text 9a32efbf2115, as Debian 13 (Trixie), Debian 12 (Bookworm), Debian 11 (Bullseye) shipped it. The page shows this text now.
whole genome SNP analysis
Flags it lists
-
--1 -
--adjust-chr-field -
--adjust-id-field -
--adjust-pos-field -
--allow-extra-chr -
--autosome -
--autosome-num -
--autosome-par -
--bad-freqs -
--bad-ld -
--bed-border-bp -
--bed-border-kb -
--bfile -
--bp-space -
--chr -
--ci -
--const-fid -
--covar-col-nums -
--covar-name -
--covar-quantile-normalize -
--d -
--debug -
--dosage-erase-threshold -
--double-id -
--exclude-snps -
--fa -
--force-intersect -
--from-bp -
--from-kb -
--from-mb -
--hard-call-threshold -
--human -
--id-delim -
--idspace-to -
--iid-sid -
--keep -
--keep-autoconv -
--keep-cat-names -
--keep-cats -
--keep-col-match-num -
--keep-fam -
--keep-females -
--keep-founders -
--keep-males -
--keep-nosex -
--king-table-filter -
--lambda -
--loop-cats -
--maf-succ -
--map -
--max-corr -
--merge-par -
--merge-x -
--missing-catname -
--missing-var-code -
--mwithin -
--no-fid -
--no-input-missing-phenotype -
--no-parents -
--no-psam-pheno -
--no-sex -
--nonfounders -
--normalize -
--not-chr -
--out -
--pfilter -
--pgen -
--pheno-col-nums -
--pheno-name -
--pheno-quantile-normalize -
--psam -
--pvar -
--quantile-normalize -
--randmem -
--real-ref-alleles -
--remove -
--remove-fam -
--remove-females -
--remove-males -
--remove-nosex -
--require-covar -
--require-info -
--require-no-info -
--rerun -
--script -
--seed -
--set-all-var-ids -
--set-missing-var-ids -
--silent -
--snp -
--sort-vars -
--split-par -
--strict-sid0 -
--tests -
--thin -
--thin-count -
--thin-indiv -
--threads -
--to -
--to-bp -
--to-kb -
--to-mb -
--update-alleles -
--update-ids -
--update-map -
--update-parents -
--var-filter -
--var-id-multi -
--var-id-multi-nonsnp -
--var-min-qual -
--vcf-max-dp -
--vcf-min-dp -
--vcf-min-gq -
--vcf-require-gt -
--version -
--warning-errcode -
--window -
--xchr-model -
--zst-level