samtools(1) on Linux
The text 148bedea01a2, as Debian 10 (Buster) shipped it.
Utilities for the Sequence Alignment/Map (SAM) format
Flags it lists
-
--GC-depth -
--barcode-tag -
--continue -
--count-orphans -
--coverage -
--fastq -
--filtering-flag -
--help -
--i1 -
--i2 -
--id -
--ignore-RG -
--ignore-overlaps -
--illumina1.3+ -
--in-place -
--index-format -
--insert-size -
--length -
--mark-strand -
--most-inserts -
--no-BAQ -
--no-PG -
--no-header -
--output -
--output-BP -
--output-MQ -
--output-QNAME -
--quality-tag -
--read-length -
--redo-BAQ -
--ref-seq -
--region-file -
--remove-dups -
--required-flag -
--reverse-complement -
--sparse -
--split -
--split-prefix -
--target-regions -
--trim-quality -
--version -
--version-only -
-0 -
-1 -
-2 -
-6 -
-? -
-@ -
-A -
-B -
-C -
-E -
-F -
-G -
-H -
-I -
-L -
-M -
-N -
-O -
-P -
-Q -
-R -
-S -
-T -
-U -
-a -
-b -
-c -
-d -
-e -
-f -
-h -
-i -
-j -
-l -
-m -
-n -
-o -
-p -
-q -
-r -
-s -
-t -
-u -
-v -
-x