bowtie2(1) on Linux
The text 6b67a8513b24, as Debian 8 (Jessie) shipped it.
wrapper for bowtie2-align-*
Flags it lists
-
--al -
--al-conc -
--dpad -
--end-to-end -
--gbar -
--ignore-quals -
--int-quals -
--local -
--ma -
--mm -
--mp -
--n-ceil -
--no-1mm-upfront -
--no-contain -
--no-discordant -
--no-dovetail -
--no-mixed -
--no-overlap -
--nofw -
--norc -
--np -
--omit-sec-seq -
--phred33 -
--phred64 -
--qc-filter -
--qseq -
--rdg -
--reorder -
--rfg -
--seed -
--un -
--un-conc -
--version -
-D -
-L -
-N -
-R -
-c -
-f -
-i -
-k -
-q -
-r